بعد عام 2003 اصبح لمنصب المحافظ دوراً اساسياً ومهماً في ادارة المحافظة امنيا واداريا كذلك التحكم في مشاريع المحافظة ومتابعتها بأعتباره السلطة التنفيذية الاعلى في المحافظة ويتم اختيار منصب المحافظ من بين اعضاء مجلس المحافظة او من خارجها بشرط ان يكون الاختيار منحصر بيد اعضاء مجلس المحافظة بأعتبارهم السلطة التشريعية.
وبالنظر لاهمية منصب المحافظ ، دائما ما يكون هذا المنصب الشغل الشاغل لأعضاء مجالس المحافظات ، فيقع للمساومات والاتفاقات والمحاصصات اكثر ما يكون محل نقاش للكفاءة والنزاهة والاستقلالية في سبيل بناء المحافظة والارتقاء بعملها ، فتم تعيين العديد من المحافظين جراء تلك الاتفاقات ، وكانوا مكبلين بالقرارات والكثير من المرات لم تنفذ قراراتهم ولم تناقش مقترحاتهم وكانوا عرضة للوقوع في الاخطاء الادارية والمالية نتيجة الضغط المسلط عليهم من داخل مجلس المحافظة ، اضافة الى التعاطف في العديد من القرارات التي تمس اعضاء مجلس المحافظة ، وكان التاثير واضحا من قبل اعضاء مجالس المحافظات على شخصية المحافظ وقراراته ، ومن اجل الخروج من تلك الدوامة الادارية التي تحصل داخل المحافظة وتعرقل مشاريعها وعملها وتقوية شخصية المحافظ وموقعه التنفيذي ويأخذ على عاتقه ادارة المحافظة والحد من تدخل اعضاء مجالس المحافظات في قرارات المحافظ ، يفضل اختيار شخصية المحافظ من خلال انتخابات منفردة يشترك فيها ابناء المحافظة ، واختيار المحافظ صاحب الاصوات الاعلى ، ويكون الترشيح للمنصب بصورة مستقلة وليس ضمن كتلة معينة ، وبذلك يكون المحافظ جاء نتيجة اختيار مواطني المحافظة ولاشأن لمجلس المحافظة بذلك او حتى الحكومة المركزية ، مما يكون الشعب مصدر قوة للمحافظ .